Das Verkehrsaufkommen erforderte ein neues Bahnkonzept für Berlin. Der Hauptbahnhof ist die Drehscheibe für Mobilität in Berlin und Herzstück des neuen Bahnkonzeptes. Er liegt im geographischen Zentrum der Stadt und verknüpft als einziger Bahnhof alle Fernverkehrslinien mit dem Regionalverkehr und der S-Bahn.

Pünktlich zur Fußball-WM 2006 startete das neue Bahnverkehrs-Konzept für Berlin und die Hauptstadtregion. Am 28. Mai 2006 ging die Nord-Süd-Verbindung der Bahn mit dem Berliner Hauptbahnhof und weiteren Regional- und Fernbahnhöfen in Betrieb. Diese Inbetriebnahme bringt viele Veränderungen im Bahnverkehr der Region mit sich. Es ist die größte Umstellung seit dem Fall der Mauer 1989 und der Wiederinbetriebnahme der Stadtbahn nach ihrer Sanierung 1998.